Documentacion Uso
10 Reglas para el Uso Responsable del Cluster
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El accessnode NO es para calcular
No se ejecuta ningún programa en el nodo de acceso. Si necesita compilar un programa puede usar la partición debug o sesión interactiva, para cualquier otro caso deberá usar alguna de las otras colas disponibles. -
Domine SLURM
Conozca el gestor de colas SLURM y sus comandos básicos. Si tiene dudas, pregunte. -
Optimice sus recursos
Solicite únicamente los recursos que realmente va a usar. Compruebe la eficiencia de los jobs que han terminado ejecutado el siguiente comando:reportseff -u $USER -
Solicite asistencia técnica
Si no está segura/o de cómo instalar o usar un programa, pida ayuda antes de intentar configuraciones complejas. -
Verifique la escalabilidad
Haga pruebas a pequeña escala para verificar el escalamiento de la paralelización del software antes de realizar lanzamientos masivos o cálculos pesados. Si tiene dudas, pregunte. -
Gestione su espacio
Limpie los archivos temporales regularmente para no saturar el almacenamiento compartido. -
Respalde su información
El clúster es una herramienta de procesamiento, no un repositorio a largo plazo. Transfiera sus resultados finales a un medio externo una vez finalizados sus cálculos. -
Proteja su acceso
El uso de las cuentas es estrictamente personal e intransferible. Gestione sus credenciales de manera segura y no comparta su acceso con terceros. -
Consulte la documentación
Si tiene dudas sobre cómo usar el clúster, revise primero este manual. -
Mantenga comunicación proactiva
Comuníquese con el Equipo de Gestión HPC ante cualquier consulta, anomalía o requerimiento por medio del correo: servicio.hpc@ucr.ac.cr.
Información general
| Uso básico |
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| Acceso remoto ¿Cómo acceder al cluster? |
| Linea de comando y otros comandos Algunos comandos básicos para el uso de la terminal de Linux. |
| QoS (Quality of Service) Límite de recursos disponibles para cada user. |
| Quota Límite de almacenamiento disponible por user. |
| Algunos cursos libres De programación de alto rendimiento |
SLURM
| Básico |
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| Uso de básico de SLURM ¿Cómo enviar trabajos al Cluster por medio del manejador de colas SLURM? |
| Particiones o colas Organización lógica del cluster |
| Scripts de cola Algunos ejemplos de scripts de cola |
| Monitoreo de cálculos ¿Cómo verificar que un cálculos está corriendo en paralelo? |
| Ejecución de trabajos en interactivo ¿Cómo hacer pruebas de trabajo de manera interactiva? |
| Comprobación de ejecución en paralelo ¿Su código corre en paralelo? |
| Avanzado |
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| Job Arrays Paralelización de software secuencial (en serie) independientes entre sí por medio de arrays. |
| GNU Parallel Paralelización de software secuencial (en serie) independientes entre sí. |
| GPU Ejecución en paralelo en los nodos GPU. |
| Cálculos que dependen de otros cálculos Automatización de la cola para cuanto tenemos cálculos que dependen de cálculos anteriores. |
Software
| Uso general |
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| Software instalado Lista de algunos de los programas instalados |
| Conda/Mamba Cómo habilitarlo en el script de cola? |
| GUI remoto/Interfaz gráfica remota Cómo correr algunos programas con interfaz gráfica remotamente? |
| JAVA Cómo instalar Java? |
| Instalación de otro software Diferentes maneras de instalar software en el cluster. |
| Algunos scripts de instalación Scripts personalizados para la instalación software en el cluster. |
| Contenedores Singularity/Apptainer para Bioinformática Listado de contenedores Singularity de bioinformática instalados. |
| Bases de datos de bioinformática Algunas bases de datos disponibles públicamente. |
| LHCb/ALLEN https://allen-doc.docs.cern.ch/index.html. |
| Machine Learning |
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| Ollama Ejecución e instalación de Ollama |
| TensorFlow Instalación de TensorFlow |
| PyTorch Instalación de PyTorch |
Producción académica |
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| Publicaciones |
| Proyectos de Investigación |
| Tesis/Trabajos Finales de Graduación |
| Cursos |
| Talleres |