Documentacion Uso

Documentacion Uso

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10 Reglas para el Uso Responsable del Cluster

  • El accessnode NO es para calcular
    No se ejecuta ningún programa en el nodo de acceso. Si necesita compilar un programa puede usar la partición debug o sesión interactiva, para cualquier otro caso deberá usar alguna de las otras colas disponibles.

  • Domine SLURM
    Conozca el gestor de colas SLURM y sus comandos básicos. Si tiene dudas, pregunte.

  • Optimice sus recursos
    Solicite únicamente los recursos que realmente va a usar. Compruebe la eficiencia de los jobs que han terminado ejecutado el siguiente comando: reportseff -u $USER

  • Solicite asistencia técnica
    Si no está segura/o de cómo instalar o usar un programa, pida ayuda antes de intentar configuraciones complejas.

  • Verifique la escalabilidad
    Haga pruebas a pequeña escala para verificar el escalamiento de la paralelización del software antes de realizar lanzamientos masivos o cálculos pesados. Si tiene dudas, pregunte.

  • Gestione su espacio
    Limpie los archivos temporales regularmente para no saturar el almacenamiento compartido.

  • Respalde su información
    El clúster es una herramienta de procesamiento, no un repositorio a largo plazo. Transfiera sus resultados finales a un medio externo una vez finalizados sus cálculos.

  • Proteja su acceso
    El uso de las cuentas es estrictamente personal e intransferible. Gestione sus credenciales de manera segura y no comparta su acceso con terceros.

  • Consulte la documentación
    Si tiene dudas sobre cómo usar el clúster, revise primero este manual.

  • Mantenga comunicación proactiva
    Comuníquese con el Equipo de Gestión HPC ante cualquier consulta, anomalía o requerimiento por medio del correo: servicio.hpc@ucr.ac.cr.

Información general

Uso básico
Acceso remoto
¿Cómo acceder al cluster?
Linea de comando y otros comandos
Algunos comandos básicos para el uso de la terminal de Linux.
QoS (Quality of Service)
Límite de recursos disponibles para cada user.
Quota
Límite de almacenamiento disponible por user.
Algunos cursos libres
De programación de alto rendimiento

SLURM

Básico
Uso de básico de SLURM
¿Cómo enviar trabajos al Cluster por medio del manejador de colas
SLURM?
Particiones o colas
Organización lógica del cluster
Scripts de cola
Algunos ejemplos de scripts de cola
Monitoreo de cálculos
¿Cómo verificar que un cálculos está corriendo en paralelo?
Ejecución de trabajos en interactivo
¿Cómo hacer pruebas de trabajo de manera interactiva?
Comprobación de ejecución en paralelo
¿Su código corre en paralelo?
Avanzado
Job Arrays
Paralelización de software secuencial (en serie) independientes
entre sí por medio de arrays.
GNU Parallel
Paralelización de software secuencial (en serie) independientes
entre sí.
GPU
Ejecución en paralelo en los nodos GPU.
Cálculos que dependen de otros cálculos
Automatización de la cola para cuanto tenemos cálculos que dependen
de cálculos anteriores.

Software

Uso general
Software instalado
Lista de algunos de los programas instalados
Conda/Mamba
Cómo habilitarlo en el script de cola?
GUI remoto/Interfaz gráfica remota
Cómo correr algunos programas con interfaz gráfica remotamente?
JAVA
Cómo instalar Java?
Instalación de otro software
Diferentes maneras de instalar software en el cluster.
Algunos scripts de instalación
Scripts personalizados para la instalación software en el cluster.
Contenedores Singularity/Apptainer para Bioinformática
Listado de contenedores Singularity de bioinformática instalados.
Bases de datos de bioinformática
Algunas bases de datos disponibles públicamente.
LHCb/ALLEN
https://allen-doc.docs.cern.ch/index.html.
Machine Learning
Ollama
Ejecución e instalación de Ollama
TensorFlow
Instalación de TensorFlow
PyTorch
Instalación de PyTorch

Producción académica

Publicaciones
Proyectos de Investigación
Tesis/Trabajos Finales de Graduación
Cursos
Talleres

Contacto

📧 servicio.hpc@ucr.ac.cr

🖥️ https://hpc.ucr.ac.cr

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